Esta Reserva Nacional alberga una enorme riqueza biológica de gran peculiaridad, donde los bosques se extienden desde las orillas del río Nanay (en torno a la comunidad de Mishana) hasta la carretera Iquitos-Nauta en sus primeros 30 kilómetros.

Allpahuayo Mishana contiene ecosistemas únicos en la amazonía peruana como son los Bosques de Varillal y Chamizal sobre arenas blancas. Estos bosques albergan numerosas especies de plantas y animales endémicos y de distribución restringida, muchos de ellos no reportadas o sin descripción. Debido a su cercanía con la ciudad de Iquitos y su fácil acceso, posee un enorme potencial para brindar servicios turísticos, fundamentalmente para el turismo especializado (ecoturismo y turismo científico). En este escenario natural de la biodiversidad amazónica los visitantes podrán observar los procesos ecológicos esenciales de la selva lluviosa tropical, además de su variada flora y fauna.

Es la 2da Reserva Nacional más grande de todo el Perú. La Reserva se puede visitar todo el año. De Junio a Enero, temporada de "vaciante", el agua de los ríos baja considerablemente, la navegación se hace más lenta, y es la época más recomendable para observar especies de animales típicos de las zonas húmedas como lagartos, lobos de río, aves locales y migratorias. En temporada de lluvia, gran parte del área está inundada, su máxima expresión es en los meses de febrero y marzo, es cuando se manifiestan imponentes floraciones y fructificaciones donde es más fácil observar primates, mamíferos, insectos etc. en zonas de la Reserva que permanecen secas.

La Reserva posee una alta diversidad de flora y fauna silvestre y una gran riqueza de vida acuática: 527 especies de aves, 102 de mamíferos, 69 de reptiles, 58 de anfibios, 269 de peces y 1,025 especies vegetales silvestres y cultivadas. En ella se protegen especies amenazadas y en peligro de extinción como el lagarto negro, el manatí, la charapa, el maquisapa, el lobo de río y el delfín rosado; entre otras. En los alrededores de la Reserva está presente una importante población humana que hace uso de sus recursos y cuya economía está ligada a las características hidrológicas de creciente y vaciante de los rios.