El complejo arqueológico tiene un área de 530 m. de largo y 200 m. de ancho. Está dividido en 2 grandes áreas: la zona agrícola y la zona urbana. Ambas áreas se encuentran separadas por un muro de 400 m. de largo y un “foso” paralelo que era usado como drenaje principal de la ciudad.  

La zona agrícola está formada por grupos de andenes utilizados para el cultivo del maíz, la hoja de coca, frutales y tubérculos como la papa, la yuca y el camote.

La zona Urbana está dividida a su vez en dos grandes sectores: Hanan y Urin. El sector Hanan comprende las principales construcciones de la ciudadela: Conjunto 1, el Templo del Sol, la Residencia real, la Plaza sagrada y el Intihuatana. Mientras que el sector Urin comprende la Roca sagrada, el Grupo de las tres portadas, el Grupo de los morteros o Acllahuasi, el Grupo del cóndor y la Escalinata de las fuentes.

Área relacionada a la atención de quienes llegaban a la ciudad. Está conformado por un edificio vestibular, establos para camélidos, talleres, cocinas y habitaciones relacionadas al trabajo de las canteras ubicadas alrededor de este sector.

Su principal edificación es conocido como el "Torreón" y fue construído sobre una gran roca. Debajo de dicha roca hay una cueva de fino labrado que se cree era el mausoleo del inca Pachacútec. El "Torreón" fue usado para ceremonias del solsticio de junio y es uno de los lugares más importantes de la ciudadela.

Desde allí se tiene acceso directo al Templo del Sol a través una gran escalinata y a la primera de fuente de agua de la ciudad. La Residencia está conformada por dos grandes habitaciones, un cuarto de servicio con un canal de desagüe, un corral para camélidos y una terraza privada con vista a la parte este de la ciudad. 

La piedra llamada Intihuatana (donde se amarra el sol) es uno de los objetos de mayor misterio de la ciudad. Habría servido como un complejo sistema de mediciones astronómicas y para determinar las fechas de inicio y fin de las campañas agrícolas. Se encuentra sobre una pequeña colina de forma piramidal con escaleras de acceso al norte y al sur.

Se trata del complejo arquitectónico más grande la ciudad y fue dedicado al servicio religioso y a la artesanía fina. Se presume que fue el Acllahuasi (casa de las mujeres escogidas) de Machu Picchu debido a que cuenta con una sola puerta de ingreso, diversos altares y habitaciones finamente labradas. 

Se trata de una gran escalera  a cuyo lado discurre un sistema de 16 caídas artificiales de agua. Las fuentes fueron cuidadosamente talladas y están conectadas por canaletas labradas en la roca. El agua proviene de una manantial ubicado en las alturas de la montaña Machu picchu.

La montaña Huayna Picchu tiene una altitud de 2,660 m.s.n.m. y llegar a su cima es todo un reto de exigencia física. La subida dura aproximadamente 1 hora y se debe tomar un sendero que nace desde el extremo norte de la ciudadela de Machu Picchu. Por reglamento se debe ingresar antes de las 2pm y salir antes de las 4pm.

Después de atravesar las laderas que conectan las  montañas Machu Picchu y Huayna Picchu, el camino se bifurca, siendo el de la derecha el que asciende a la cúspide. Se trata de un camino de cierta peligrosidad, estrecho y muy empinado con escalinatas talladas en roca viva. Una vez que se llega a la cima se pueden observar algunas construcciones como una portada, andenes y una piedra labrada en forma de trono conocida como "la silla del inca". Pero lo más impresionante es la vista que se tiene de la ciudadela de Machu Picchu y del río Urubamba en lo más profundo del cañón.

El otro camino conduce a la parte posterior de la montaña en donde se ubica el llamado "Templo de la luna". Se trata de una asombrosa construcción subterránea en varias cuevas forradas con muros de fina cantería y adornados con nichos trapezoidales y falsas portadas. Se presume que tuvo fines funerarios.