La ciudadela de Machu Picchu se sitúa en la provincia de Urubamba a 130 km. al noroeste de la ciudad de Cusco, a medio camino entre los Andes y la selva amazónica. Está ubicada en la cima de la montaña Machu Picchu ("Montaña vieja" en quechua) y frente a la montaña Huayna Picchu ("Montaña joven"). Ambos cerros forman parte de la cadena de Vilcabamba en la Cordillera central de los Andes. 400 metros abajo y prácticamente rodeando dichas montañas corre el río Vilcanota-Urubamba. Asimismo, el complejo arqueológico se encuentra dentro del Santuario Histórico de Machu Picchu que es una zona natural intangible de 32,500 hectáreas que inicia en la cuenca del río Vilcanota-Urubamba.