La quebrada de Machu Picchu fue colonizada inicialmente por pueblos serranos agrícolas desde el año 760 a.c. Cerca del año 900 de nuestra era, la nación Ayarmaca (rivales iniciales de los incas) se asentó en la zona. Alrededor de 1,440 la quebrada fue conquistada por el inca Pachacútec quien impresionado por la geografía del lugar, mandó a construir un complejo urbano con edificios de gran lujo para fines civiles y religiosos. Según evidencias arqueológicas, la ciudadela tuvo una población móvil que oscilaba entre los 400 a 1,000 habitantes pertenecientes a la familia real del inca. A su alrededor se establecieron también distintos pueblos conectados a la ciudadelas a través de 8 caminos incas. Después de la muerte de Pachacútec, Machu Picchu perdió importancia antes los nuevos palacios de los incas sucesores y su población se redujo considerablemente.

Después de la conquista española y durante el levantamiento de Manco Inca en Vilcabamba (1,536), los principales nobles de las zonas aledañas, entre ellos Machu Picchu, fueron convocados para plegarse a la rebelión. Tras la caída de dicha rebelión, la majestuosa ciudadela fue considerada como una pequeña población que pagaba sus tributos a la encomienda de Ollantaytambo. Sin embargo ya se había vuelto un lugar remoto y alejado de los nuevos caminos y del nuevo sistema económico del Perú. Por ello es probable que los españoles conocieran de su existencia más no la habrían visitado.

Con el paso de los años la vegetación cubrió gran parte de la ciudadela  y pese a que distintos estudios hablaban de restos arqueológicos en la zona, recién en 1,911 la expedición de Hiram Bingham dio inicio a su revaloración. Ya en 1948 se construye la actual vía afirmada que llega a la ciudadela convirtiéndola en el principal destino turístico del Perú.

El 7 de Julio de 2007 Machu Picchu fue elegido como una de las “Nuevas 7 maravillas del mundo moderno”.